L'histoire de Grand Theft Auto: Liberty City Stories se déroule 3 ans avant les évènements de GTA 3.

C'est en 1998 que Tony Cipriani (le personnage principal) vient bousculer la vie quotidienne à Liberty City Stories. Tony étant sous les ordres de JD o'Tool (propriétaire du "Red Light District" à "Pauli's Revue Bar" ). Jd o'Tool, voulant se rapprocher du "Leone Clan" demande à notre héros principal de s'en occuper. Tony va donc conquérir des territoires et prendre le contrôle des zones.